A Codevasf atua em todos os 102 municípios do estado de Alagoas desde a vigência da Lei nº 13.507, de 17 de novembro de 2017, quando passou a atuar nos demais municípios do Estado, situação referendada em leis subsequentes, e atualmente, conforme a Lei nº 14.053/2020.
A bacia hidrográfica perene com maior extensão territorial em Alagoas é a do rio São Francisco, onde a porção alagoana representa parte da região fisiográfica do chamado "Baixo São Francisco".
Foram incorporadas pela Lei nº 13.507/2017, as bacias dos rios Jequiá, Mundaú e Paraíba, sendo a primeira - Jequiá - integralmente contida no território de Alagoas. As bacias hidrográficas dos rios Mundaú e Paraíba apresentam áreas no estado de Pernambuco, onde se localizam suas nascentes.
As demais bacias hidrográficas na área do estado de Alagoas, que não se encontram no vale do Rio São Francisco e que não são citadas expressamente no texto da Lei nº 13.702, de 06 de agosto de 2018, são as bacias hidrográficas dos rios Coruripe, São Miguel, Bandeira, Camaragibe, Carvão, Jirituba, Manguaba, Poxinzinho, Persinunga, Prataji, Una, riacho Comandatuba, além de diversas outras bacias litorâneas diminutas.
No estado de Alagoas, a Codevasf atua por meio da 5ª Superintendência Regional, com sede na capital Maceió.