O SIAFI é um sistema de informações centralizado em Brasília, ligado por teleprocessamento aos Órgãos do Governo Federal distribuídos no País e no exterior. Essa ligação, que é feita pela rede de telecomunicações do SERPRO e também pela conexão a outras inúmeras redes externas, é que garante o acesso ao sistema às quase 17.874 Unidades Gestoras ativas no SIAFI.

Para facilitar o trabalho de todas essas Unidades Gestoras, o SIAFI foi concebido para se estruturar por exercícios : cada ano equivale a um sistema diferente, ou seja, a regra de formação do nome do sistema é a sigla SIAFI acrescida de quatro dígitos referentes ao ano do sistema que se deseja acessar : SIAFI2000, SIAFI2001, SIAFI2002, etc.

Por sua vez, cada sistema está organizado por subsistemas - atualmente são 21 - e estes, por módulos . Dentro de cada módulo estão agregadas inúmeras transações, que guardam entre si características em comum. Nesse nível de transação é que são efetivamente executadas as diversas operações do SIAFI, desde entrada de dados até consultas.

  Cada subsistema tem uma função própria e bem delimitada no SIAFI. Podemos organizá-los informalmente em cinco grupos principais: