A equipe se autoavalia em um conjunto de padrões de qualidade, que revelam quais são os padrões com maiores problemas que devem ser enfrentados pela equipe, com o intuito de qualificar o processo de trabalho e a atenção ofertada aos usuários. A escolha de qual instrumento de autoavaliação utilizar é de autonomia dos municípios e equipes. Além dos AMAQs (Atenção Básica, Saúde Bucal, CEO, Nasf), o AMQ e outros instrumentos autoavaliativos produzidos pela gestão municipal ou estadual e pelas equipes também são considerados nos processos autoavaliativos. Na certificação das equipes, a realização da autoavaliação vale 10% da nota final. Para que a autoavaliação seja considerada na certificação do PMAQ, sua realização será verificada no momento da avaliação externa ou por meio do sistema (AMAQ), sendo necessário que seja realizada antes da avaliação externa. Para as equipes que estão utilizando o AMAQ, é necessário realizar a matriz de intervenção para alcançar os 10% da certificação.