Encerrado o prazo de inscrição, o sistema do Prouni classifica os estudantes de acordo com as opções e as notas obtidas no Enem e a modalidade de concorrência, observada a seguinte ordem:
professor da rede pública de ensino, exclusivamente para os cursos de licenciatura, normal superior e pedagogia destinados à formação do magistério da educação básica, se for o caso e se houver inscritos nessa situação;
estudante que cursou o ensino médio completo em escola da rede pública;
estudante que cursou o ensino médio parcialmente em escola da rede pública e parcialmente em instituição privada, na condição de bolsista integral da respectiva instituição;
estudante que cursou o ensino médio parcialmente em escola da rede pública e parcialmente em instituição privada, na condição de bolsista parcial da respectiva instituição ou sem a condição de bolsista;
estudante que cursou o ensino médio completo em instituição privada, na condição de bolsista integral da respectiva instituição; e
estudante que cursou o ensino médio completo em instituição privada, na condição de bolsista parcial da respectiva instituição ou sem a condição de bolsista.
Os estudantes são pré-selecionados em apenas uma das opções de curso, observada a sequência de opção que escolheu no momento da inscrição, o limite de bolsas disponíveis e a ordem de classificação.