É um sistema eletrônico de acompanhamento dos processos que regulam a educação superior no Brasil. Tramitam no e-MEC todos os pedidos de credenciamento e recredenciamento de instituições de educação superior (IES), bem como de autorização, reconhecimento e renovação de reconhecimento de cursos.
O Sistema e-MEC incorpora o Cadastro de Instituições e Cursos de Educação Superior (Cadastro e-MEC), base de dados oficial dos cursos e instituições de educação superior (IES) que atuam no Brasil. Além disso, o cadastro também mantém informações sobre as instituições extintas.
É facultado às IES pertencentes aos demais sistemas de ensino – que são reguladas e supervisionadas pelo órgão regulatório da respectiva unidade federativa, ou pelo órgão responsável pelo ensino militar em cada unidade da federação, fazer parte do Cadastro e-MEC. Assim, as informações relacionadas a essas instituições são de responsabilidade exclusiva da respectiva IES.