Rede Corona-Ômica.BR-MCTI realiza trabalho de mapeamento de variantes de SARS-CoV-2 circulantes em 12 cidades do estado do Tocantins

A Rede Vírus MCTI informa que a Rede Corona-Ômica.BR-MCTI, através do Laboratório de Bioinformática & Biotecnologia (Labinftec) da Universidade Federal do Tocantins (UFT) em colaboração com o Laboratório Central de Saúde Pública do Tocantins (LACEN-TO) e Laboratório de Baculovírus da Universidade de Brasília (UNB) identificou e sequenciou 24 genomas de SARS-CoV-2 de amostras coletadas em 12 cidades do estado do Tocantins (Tabela 1).

Informamos que, de 24 amostras sequenciadas nessa região, 18 (75% das amostras sequenciadas)foram classificadas como P.1 pelo Pango Lineages e seis (25%) como P.1.2 (Tabela 1 e Figura 1). A variante do vírus SARS-CoV-2 denominada P.1 teve origem na região amazônica e está associada a uma maior transmissibilidade quando comparado as variantes que prevaleciam em circulação no país (Naveca et al., 2021; Faria et al., 2021). A variante P.1 tem se espalhado rapidamente por muitos estados brasileiros, demonstrando predomínio dentre as variantes de preocupação (VOCs – Variants of Concern ) em circulação no país (para mais detalhes veja 4º Relatório Técnico de Situação – Projeto Corona-Ômica-BR – 06/05/2021). Isso reforça a grande importância de subsídios e recursos para vigilância epidemiológica e genômica para rastreamento rápido da disseminação de VOCs, com fornecimento de respostas rápidas para os sistemas de saúde pública. Recentemente, novas mutações foram observadas na variante P.1, dando origem a uma nova sub-linhagem P.1.2 (Almeida et al., 2021). Essa variante P.1.2 ou P1-like II foi identificada inicialmente no RJ e abriga novas mutações em relação a P1. Ela está se espalhando em nove estados de quatro regiões brasileiras (Norte = 2, Nordeste = 1, Sul = 35 e Sudeste = 13) e abriga 15 mutações definidoras de linhagem P.1 e sete mutações únicas ( https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/77 ).

Ressaltamos também que identificamos nesses genomas 42 mutações do tipo SNPs (Polimorfismos de Nucleotídeo Único) e duas mutações do tipo InDel (Inserção-Deleção). Dentre os 42 SNPs identificados, 41 são em regiões codificantes do genoma viral e um na porção 5’UTR (C241T). Onze mutações na região codificante foram caracterizadas como sinônimas ou silenciosas e 30 destas foram preditas com substituições de aminoácidos. Dentre essas 30 substituições, 43,3% são localizadas no gene S (sendo 13 mutações pontuais: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, P681H, T1027I, V1176F). A ORF1ab que compreende aproximadamente 67% do genoma e codifica 16 proteínas não-estruturais apresentou um total de 8 mutações com substituições de aminoácidos (S1188L, K1230N, K1795Q, S1924I, T2846I, P4715L, E5665D, M6661I). Seis substituições são localizadas no gene N (P80R, T135I, S202C, S202T, R203K, G204R). Três foram encontradas na ORF3a (L106F) e um na ORF8 (E92K).

Desta forma, recomendamos que as providências cabíveis sejam tomadas pelos órgãos estaduais e federais competentes e agradecemos a colaboração com o Laboratório Central de Saúde Pública do Tocantins (LACEN-TO) e Laboratório de Baculovírus da Universidade de Brasília (UNB) na obtenção dos presentes resultados.

Tabela 1. Localidade, data de coleta e variante identificada nas 24 amostras provenientes de 12 cidades do estado do Tocantins.