O Plano Anual de Investimento dos Recursos do FNDCT é o principal documento de planejamento da alocação de recursos orçamentários e financeiros do Fundo, conforme as diretrizes contidas nos Programas de Investimento. Nele estão consolidados os compromissos assumidos em exercícios anteriores e as novas iniciativas propostas pelos Comitês Gestores e agências de fomento que compõem a governança do FNDCT.
A aprovação do Plano é uma das competências do Conselho Diretor, conforme o inciso IV do art. 5º do Decreto nº 6.938/2009, na Seção II - Do Funcionamento e das Atribuições do Conselho Diretor, cabe ao Conselho Diretor do FNDCT aprovar a programação orçamentária e financeira dos recursos do Fundo.
Segundo o Art. 12. da Lei 11.540, de 12 de novembro de 2007, os recursos do FNDCT poderão ser aplicados nas modalidades Não Reembolsável e Reembolsável.